前面已经谈到，施用于水田土壤的氮素化肥，能为水稻吸收利用的有30%-50%，利用率不高的原因主要是硝化作用和反硝化作用引起的脱氮损失。深层施肥是将铵态氮肥深施于水田土壤还原层，受硝化作用影响小，以铵离子形态为土壤胶粒所吸附，从而减少渗漏。同时由于缺乏反硝化作用基质的，还可以减少脱氮造成的气体损失。因而深施比表施可以大大提高氮肥的利用率。